Puisqu'il est impossible de trier ces organismes à la main, on utilise un moyen détourné, basé sur leur comportement de fuite face à la chaleur, à la sécheresse et à la lumière. On utilise pour cela un appareil (ou entonnoir) de Berlèse. Il consiste à placer un échantillon de sol ou de litière (de poids ou volume connu) sur une grille au dessus d'un entonnoir et d'allumer au-dessus, une lampe à incandescence qui va sécher et éclairer l'échantillon. Les animaux de la mésofaune, fuyant ces conditions difficiles tombent dans l'entonnoir et sont récupérés dans un pilulier. Ils seront alors triés, identifiés, pesés et comptés