Bien que dans certains cas des inoculums de souches bénéfiques puissent être introduites dans un milieu cultivé (ensemencements de symbiotiques, lutte biologique), la manipulation des champignons vise surtout à éviter, limiter ou lutter contre l'infection d'un milieu.

Il existe 5 types de luttes contre les champignons : génétique (espèces, variétés, résistance naturelle ou induite), chimique (fongicides), physique (labour, broyage et enfouissement des résidus), biologique (mycoparasites) et agronomique (opérations culturales, densité du couvert, irrigation, rotations, fertilisation azotée...).

Dans tous les cas, l'objectif est de limiter/éviter les dégâts (symptômes) et les dommages (perte de rendement, de qualité etc...) Cela peut se faire à trois niveaux : Eviter l'apparition du risque, empêcher le risque de se réaliser et freiner ou minimiser l'apparition des dégâts.

Dans le cas de l'agriculture de conservation, les facteurs sur lesquels peut jouer le producteur sont notamment les pratiques agricoles, la génétique des semences et la lutte biologique.

Éviter l'apparition du risque :

Les variétés et semences utilisées peuvent êtres choisies pour leurs capacités résistantes, il faut également veiller à leurs qualités sanitaires (contamination croisée).

La mise en place de rotations raisonnées en fonction des risques existants entre les cultures se succédant permet également de se prémunir contre les infections (par exemple, éviter une succession céréale à paille-blé lorsqu'il y a des risques de piétin)

Il est conseillé de veiller à éviter la concordance des périodes de réceptivité de la culture aux phytopathogènes (semis, floraison, fructification ...) avec celles d'émission des spores et de conditions climatiques favorables à leur développement et leur dissémination (pluie, irrigation, tout événement entraînant la présence d'eau libre sur la parcelle).

L'effet densité du couvert joue également beaucoup sur le développement des pathogènes (couvert dense = microclimat favorable au développement de champignons à l'intérieur et sous le couvert).

Les bonnes pratiques d'hygiène sur l'exploitation sont également conseillées (lavage des outils et machines)

Empêcher le risque de se réaliser :

Dans le cas d'une infection importante lors du précédent cultural, le meilleur moyen de se prémunir de futures attaques est de mettre en place des rotations longues afin de briser le cycle du champignon, de raisonner avec logique les successions (cultures résistantes, non réceptives) et de bien gérer l'utilisation des résidus de cultures (broyage, enfouissement, séchage, voire destruction et remplacement par des pailles ou par un nouveau couvert vert).

Il est également possible de mettre en place des techniques de lutte biologique, telles que l'introduction d'espèces animales prédatrices, ou bien l'inoculation de souches antagonistes ou compétitrices des pathogènes.

Freiner ou minimiser l'apparition des dégâts :

Quand l'infection est déclarée, des mesures doivent être prises afin de défavoriser la capacité de multiplication et de transfert des inoculums : retrait des organes touchés, traitement fongicide, réduction de la densité sur la parcelle, baisse de l'irrigation, introduction d'un organisme prédateur, parasite ou compétiteur du pathogène (lutte biologique) etc...

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Auteurs : Thomas Wibaux

Supervisions et corrections : J-F Vian, Joséphine Peigné, Eric Blanchart

Corrections : Catherine Mazzoni