Certains organismes du sol s'attaquent non seulement à la matière organique du sol, mais aussi aux minéraux eux-mêmes. Ils participent à la « bio-altération » : l'altération d'origine biologique des minéraux du sol. De cette manière, ils peuvent libérer des nutriments qui pourront à terme être prélevés par les plantes. D'ailleurs, les plantes elles-mêmes sont des acteurs majeurs de la « bio-altération ».

Les organismes sont en effet capables de modifier les équilibres chimiques de solubilisation/précipitation et d'adsorption/désorption des minéraux.

Par exemple, les organismes peuvent augmenter la solubilité des différents minéraux phosphatés en jouant localement sur le pH de la solution de sol. A forts pH on trouve beaucoup de phosphates de calcium insolubles, alors qu'à des pH faibles les phosphates sont fortement liés aux hydroxydes de fer et d'aluminium ; les pH optimaux pour la solubilité du P sont d'environ 6 à 7. En milieu calcaire, des plantes peuvent acidifier leur rhizosphère en excrétant par leurs racines des protons et des acides organiques, et ainsi augmenter localement la disponibilité du P. D'autres organismes produisent des substances, acides organiques par exemple, qui ont une forte affinité pour les surfaces minérales et qui délogent de cette manière certains nutriments fortement fixés sur les minéraux.