Les nutriments immobilisés dans la biomasse microbienne ne sont pas bloqués de manière définitive. Les cellules microbiennes peuvent en effet mourir et être lysées pour diverses raisons, et notamment lorsqu'elles sont tuées par des virus bacteriophages ou mangées par des organismes microbivores du sol. De nombreuses espèces de protozoaires et de nématodes, mais aussi de collemboles se nourrissent en effet de bactéries et/ou de champignons et maintiennent ainsi une pression sur les populations de microorganismes

Or cette microbivorie conduit à une minéralisation de nutriments et à une possibilité de prélèvement de ces nutriments par les plantes.

Pourquoi ? Ces organismes microbivores ont pourtant aussi besoin de nutriments; ne devraient-ils pas à leur tour immobiliser les nutriments d'origine microbienne dans leur propre biomasse ?

Comme tous les organismes hétérotrophes, les protozoaires et nématodes respirent en éliminant du C, donc en enrichissant en nutriments la matière digérée restante. D'autre part, ils ont une biomasse moins riche en nutriments que les microorganismes du sol (par exemple, le C/N d'un nématode est de l'ordre de 10, contre environ 5 pour une bactérie). Donc, lorsqu'ils consomment l'énergie contenue dans une bactérie, les organismes microbivores ingèrent plus de nutriments qu'ils n'en ont besoin eux-mêmes, et ces nutriments en excès sont émis sous forme inorganique dans la solution de sol. Une fois dans la solution de sol, les nutriments peuvent être prélevés par un microorganisme, ou par une racine, ou s'adsorber sur les particules du sol...