En raison de leur position d'interface dans les écosystèmes terrestres entre la biosphère, l'atmosphère, l'eau et les roches, les sols sont le siège de la décomposition des matières organiques mortes. Ces matières organiques issues de la mort des végétaux ou des animaux fournissent au sol une grande quantité d'énergie et d'éléments nutritifs. Ceci explique que les sols renferment une très grande variété d'organismes qui vont être impliqués dans ce long et complexe processus de décomposition, mettant en place des réseaux trophiques mais aussi des interactions non trophiques particulièrement complexes. Les organismes dans les sols assurent de nombreuses fonctions. Par exemple les microorganismes (bactéries et champignons) sont impliqués dans la minéralisation de la matière organique, permettant une libération des éléments nutritifs que les végétaux pourront réutiliser pour leur croissance. Les microorganismes ont des capacités enzymatiques très diversifiées qui leur permettent de s'attaquer à presque toutes les substances organiques présentes dans le sol, y compris des polluants. Parfois les microorganismes s'associent aux racines dans des symbioses qui vont faciliter la croissance des végétaux : il s'agit des fixateurs d'azote et des mycorhizes. A côté de ces microorganismes vivent leurs prédateurs : les principaux sont les protozoaires (unicellulaires) et les nématodes microbivores qui se nourrissent de bactéries et de champignons ce qui permet la libération des éléments nutritifs contenus dans la biomasse microbienne. D'autres organismes plus gros vont être des détritivores, décomposant les matières organiques à la surface du sol, ce qu'on appelle la litière et facilitant le travail des microorganismes. D'autres encore plus gros vont avoir cette capacité à ingérer le sol pour en assimiler une partie de la matière organique qu'il contient. Faisant cela, ces organismes dits « ingénieurs du sol » mélangent le sol et la matière organique, créant des agrégats et facilitant le travail des microorganismes. Ces macroinvertébrés ont également des prédateurs de grande taille comme certains scolopendres. Le dernier groupe fonctionnel est celui représenté par les bioagresseurs, ces organismes consommant ou parasitant les racines des plantes affectant ainsi leur croissance.

On voit bien ici que le fonctionnement du sol résulte de l'ensemble des activités de ces organismes mais également de leurs complexes interactions entre eux et vis-à-vis des racines. Ces processus écologiques assurées par les organismes du sol sont responsables des grandes fonctions recherchées dans le fonctionnement d'un sol que sont le recyclage des nutriments, la décomposition des matières carbonées, le maintien de la structure du sol et la régulation des populations de bioagresseurs.