Aux différentes étapes de la décomposition, les matières organiques peuvent être stabilisées, c'est-à-dire que leur minéralisation peut être freinée. Cette stabilisation peut être liée en partie à leur composition chimique (riche en biomolécules complexes, et/ou pauvre en nutriments...), qui peut les rendre difficiles à hydrolyser (ou « récalcitrantes »).

D'autre part, certaines molécules s'adsorbent sur les minéraux du sol (notamment ceux de la fraction fine argileuse), et une fois adsorbées elles sont moins sensibles à la dégradation enzymatique. Enfin, les MOP et les composés d'origine microbienne peuvent être piégés à l'intérieur d'agrégats par des gangues de particules minérales : on parle alors de stabilisation physique ou de stabilisation par la structure du sol.

Ces matières organiques piégées dans les agrégats se retrouvent généralement dans des conditions peu propices à la minéralisation, pauvres en oxygène par exemple, et surtout elles peuvent être inaccessibles aux microorganismes et à leurs enzymes et donc protégées de la décomposition. Tant que les agrégats protecteurs persistent, ces matières organiques piégées ne seront pas minéralisées et resteront dans le sol : elles ont donc un temps de résidence plus important que les matières organiques libres. On les appelle « matière organique stable », « matière organique liée » (car liée par adsorption aux argiles et limons fins), « matière organique humifiée » ou parfois simplement « humus ».

En somme, la dégradation microbienne de la matière organique fraîche produit des composés organiques d'origine microbienne qui favorisent la création d'agrégats stables dans lesquels des matières organiques sont piégées ; et la stabilité de ces agrégats protège de la minéralisation ces matières organiques piégées.

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Auteur : Claire Marsden

Médiatisation : Emilie Alaux, Sarah Clerquin