Les organismes du sol ont une action primordiale sur la structure du sol.

• Les vers de terre, en creusant des galeries, créent un véritable réseau d'aération. Leur action de brassage est également favorable à la circulation profonde de l'air et de l'eau.

• Les champignons sécrètent de la glomaline. Cette molécule, une glycoprotéine, a une fonction d'agrégation importante. La rétention de carbone organique, d'eau et de minéraux par les agrégats en est ainsi augmentée.

Pour plus d'explications, voir Fertilité biologique.