Les scientifiques du sol utilisent généralement une classification de ces organismes selon leur taille même si d'autres classifications existent aussi (classifications selon le régime alimentaire, selon leur habitat).

Dans cette classification on range les bactéries et les champignons dans le groupe des microorganismes (dont la taille ou le diamètre est inférieur à 10 µm).

Les protozoaires et les nématodes dont la taille est comprise entre 10 et 200 µm sont classés dans le groupe de la microfaune.

Ensuite, la mésofaune comprend principalement les collemboles et les acariens (entre 200 µm et 2 mm).

Enfin, la macrofaune comprend les invertébrés dont la taille est supérieure à 2 mm : les principaux représentants sont les vers de terre, les larves d'insectes, les myriapodes, les limaces...

Certaines classifications incluent le groupe de la mégafaune comprenant les vertébrés vivant dans le sol, comme la taupe ou le campagnol.

Auteurs: Eric Blanchart - Joséphine Peigné -Jean-François Vian