Le carbone est un élément essentiel des molécules du vivant et on le retrouve dans tous les compartiments des écosystèmes. L'assimilation photosynthétique du carbone atmosphérique par les plantes constitue le processus écologique le plus fondamental des écosystèmes terrestres, car la matière organique ainsi créée est ensuite le carburant utilisé par tous les organismes hétérotrophes, microorganismes ou animaux : nous-mêmes, mais aussi les insectes auxiliaires et ravageurs des cultures, les organismes symbiotiques et pathogènes, les ruminants, les prédateurs... sans oublier les organismes décomposeurs qui bouclent le cycle du carbone en le renvoyant dans l'atmosphère.

--> Les transformations que subissent le carbone au cours de ce cycle, et notamment au cours de son passage par le sol, sont à la base du fonctionnement des agroécosystèmes.