Les bactéries du sol peuvent être classées en deux grands groupes :
Espèces autochtones
Elles sont caractéristiques d'un sol et leur nombre demeure pratiquement constante, à l'exception de certaines appelées "bactéries zymogènes" selon Winogradsky, qui ne prolifèrent qu'en présence d'un substrat spécifique.
Espèces étrangères
à la différence des précédents, elles ne participent pas activement aux fonctions biochimiques de la communauté. Elles atteignent le sol par les précipitations, des résidus contaminés ou des eaux usées.
Complément :
Les bactéries du sol peuvent être regroupés selon leurs groupements fonctionnels les plus important du point de vue agronomique
Les bactéries ammonifiantes
décomposent les substances organiques azotées en ammoniac ou en ions ammonium.
Les bactéries nitrifiantes
oxydation de l'ammoniac en nitrate
Bactéries fixatrices d'azote
Captent l'azote atmosphérique (N2) et le transforment en composés utilisables par les plantes (ammoniac). Ce sont notamment les bactéries symbiotiques localisées dans la rhizosphère des plantes cultivées (rhizobium chez les légumineuses).
Bactéries cellulolytiques
Elles dégradent la cellulose. C'est le groupe le plus important dans la dynamique de la matière organique, car elles décomposent la cellulose, molécule structurelle la plus répandue chez les végétaux
Bactéries pectinolytiques
dégradent la pectine et ses dérivés. Les bactéries les plus abondantes sont du genre Arthrobacter.
Remarque :
La classification est généralement basée sur des caractères phénotypiques, comme la morphologie cellulaire (bâtonnets, bacilles...), la présence d'endospores, la mobilité de la cellule, la structure de la paroi cellulaire (gram positif, gram négatif) et le métabolisme (bactéries hétérotrophes et autotrophes).
Mais la classification se fait également selon les groupements fonctionnels des différentes bactéries, car ils donnent plus d'informations sur les propriétés de l'espèce. Cette classification divise les bactéries en quatre groupes selon la source d'énergie (photosynthèse ou réactions redox) et la nature du donneur d'électrons (organique ou inorganique) : les photo-lithotrophes, les photo-organotrophes, les chimio-lithotrophes et les chimio-organotrophes.