Il est important d'avoir une certaine homogénéité dans les méthodes d'échantillonnage, cela facilite la comparaison des résultats entre les études. La norme ISO 23611-2 homologuée en 2011 définie les méthodes de prélèvements, d'extractions et de conservations des microarthropodes ( AFNOR, 2011[1]).
Matériels et méthodes utilisés
La taille du carottier stratifié utilisé doit avoisiner les 40 cm de long et les 5,6 cm de diamètre. Les carottiers peuvent être en acier inoxydable ou en aluminium. Un extracteur de Kempson peut être utilisé pour les prélèvement sur litière.
Si l'échantillonnage se limite aux microarthropodes de la couche de la litière, un cadre de prélèvement de 25 cm × 25 cm × 15 cm devra être utilisé. Celui-ci doit être en acier inoxydable et présenter des bords tranchants. La litière sera échantillonnée sur 15 cm de profondeur ( AFNOR, 2011[1]).
Méthode utilisée
Collecte des échantillons de sol :
Il est utile de déterminer l'humidité réelle du sol à échantillonner. Une fois prélevées, les carottes devront être séparées en trois parties :
Sol correspondant à la couche de litière comprenant l'horizon humique (noter la profondeur de la couche)
Sol correspondant aux 10 cm supérieurs du sol minéral
Sol restant
Remarque :
Il est préférable d'utiliser des tubes en plastiques pour transporter les échantillons plutôt que des sacs en plastiques. En effet, la mortalité est inférieure dans les tubes en plastiques (moins de tassement).
Le temps entre l'échantillonnage et l'extraction doit être relativement court.
Pour les sols argileux-limoneux, la méthode par flottation dans l'heptane pourra être utilisée.
Dispositif MacFadyen
Principe : Ce dispositif permet d'extraire les microarthropodes du sol par méthode comportementale. Cette méthode s'appuie sur la création d'un gradient de température entre un récipient chaud contenant l'échantillon et un dispositif de collecte froid. Le dispositif de collecte devra être placé en dessous du récipient contenant les échantillons. Ce dispositif va engendrer chez les organismes du sol des comportements de thermotaxie négative, aussi d'hygrotaxie positive, de phototaxie négative et de scototaxie positive. Les microarthropodes vont alors fuir le sol pour se diriger dans le récipient froid ( AFNOR, 2011[1]). |  Extracteur de MacFadyen |
Le fond des récipients contenant les échantillons devront posséder un filet plastique rattaché à un entonnoir. L'entonnoir devra être fixé au dispositif de collecte des microarthropodes.
Les récipients servant à la collecte devront être remplis de 25 ml de fixateur de von Törne[2] ( AFNOR, 2011[1]).
Remarque :
Il est possible de remplacer la solution de von Törne[2] par une solution saturée d'acide picrique, ou une solution de 50 % d'éthylène glycol avec quelques gouttes de détergent ou encore par de l'éthanol à 75 % ( AFNOR, 2011)[1].
Les bidons doivent être soumis à 10 W par échantillon. Les récipients de collecte doivent quant à eux être plongés dans un bain d'eau froide. L'écart de température doit être d'environ 30°C ( AFNOR, 2011[1]).
Conseil :
Les températures excessives peuvent entraîner la mort des microarthropodes. Pour cela, il est nécessaire d'augmenter la température de l'échantillon de 5°C par rapport à la température initiale du sol et cela pendant trois jours. Enfin, il faut augmenter progressivement la température jusqu'à atteindre 45°C environ en sept jours ( AFNOR, 2011[1]).
Tout échantillon stocké après extraction devra l'être à 4°C ( AFNOR, 2011[1]).
Remarque :
La taille des bidons des dispositifs de MacFadyen peut varier.
De plus, d'autres dispositifs à méthode comportementale peuvent également être utilisés (ex : entonnoir de Berlese-Tullgren).
Les méthodes comportementales extraient seulement les stades actifs des microarthropodes. De plus, les microarthropodes des débris végétaux ne sont pas extraits.
Ces méthodes ont une efficacité comprise entre 75 % à 80 %.
Identification des acariens
L'identification est réalisée sur boite de Pétri grâce à un microscope stéréoscopique. Avant le montage entre lame et lamelle, les individus devront être plongés dans une solution d'eau et d'alcool. Les échantillons identifiés tardivement devront être conservés dans de l'éthanol à 75%.
L'éclaircissement des individus devra être réalisé par immersion dans le milieu de Nesbitt[3]. La durée d'éclaircissement dépend de l'âge, de la sclérotisation des individus. Les individus très sclérotisés pourront être chauffés.
Remarque :
Pour les montages permanents, il est possible de remplacer le milieu (eau + alcool) par le milieu de Hoyer[4] ou encore par de la gomme arabique.
Le milieu de Nesbitt[3] peut être remplacé par une solution de lactophénol[5] ou de l'acide lactique pur. L'éclaircissement des oribates se fait par immersion dans de l'acide lactique. Le temps d'éclaircissement des astigmates doit être très bref.
Résultats générés
L'abondance totale : nombre d'individus / unité de surface, de volume ou de masse
L'abondance totale devra être multipliée par un coefficient qui dépend du diamètre de la carotte. Ce coefficient permettra de mettre les résultats par individu / m2.
Le nombre d'espèces ou de groupes taxonomiques ou écologiques
Les indices de diversité (diversité alpha, bêta et gamma).
Le comptage se fera dans un premier temps par échantillon. Dans un second temps, les résultats par échantillon seront additionnés afin de reformer la carotte (qui a été séparée en 3 parties).
Remarque :
Pour ramener le nombre d'individu par unité de masse, il suffira de diviser par le poids de la matière sèche de l'échantillon.
La matière sèche sera pesée après 15 à 20h à l'étuve à 105°C.
------
Références Bibliographiques :
Auteurs : Auriane Eysseric, Marjorie Bru et Lucile Bretin
Supervisions et corrections : J-F Vian, Joséphine Peigné, Eric Blanchart