Origine du bioagresseur : méthodes utilisées
Principe général : une espèce est génétiquement plus variable dans son aire d'origine que dans son aire d'introduction, en raison des effets de fondation[1].
Des études de génétique de population permettent de quantifier et de comparer la variabilité génétique entre différentes populations.
Les méthodes de coalescence[2] constituent un modèle de génétique des populations .
C'est un modèle rétrospectif basé sur l'étude généalogiques des allèles d'un gène entre différentes populations. Ce modèle utilise des analyses statistiques visant à mette en évidence, la coalescence des différentes lignées vers l'ancêtre commun le plus récent (MRCA most recent common ancestor).
Par exemple, les populations californiennes du champignon Seiridium cardinale présentent une plus grande diversité génétique que les populations européennes. Un étude confirme que les populations californiennes sont probablement les ancêtres de celles que l'on trouve en Europe.
Concernant, le Rice Yellow Motlle Virus, on observe une plus grande diversité du virus à l'est du continent africain par rapport aux échantillons de l'ouest. Ceci s'explique par une origine est-africaine du virus et par des effets de fondation d'est en ouest diminuant la variabilité génétique.
Certaines espèces n'ont pas pu être associées à une origine géographique précise. Elles sont qualifiées de cryptogéniques (c'est-dire d'origine inconnue, bien que parfois on suspecte une introduction de l'extérieur).
Par exemple, Phytophthora ramorum a été trouvé récemment aux Etats Unis et en Europe, on pense qu'il a été introduit dans ces régions car des études montrent qu'il a une base génétique très étroite, mais son aire d'origine demeure inconnue à ce jour.
Dans la base européenne consacrée aux champignons invasifs forestiers (IFP pour invasive forest pathogens), 25% sont considérés d'origine inconnue sur environ 120 espèces recensées ( Santini et al., 2012[3]).
Beaucoup d'espèces de champignons (comme d'autres microbes), ou d'insectes sont considérées comme cosmopolites (c'est-à-dire présents dans le monde entier sans être associés à une origine géographique précise) ce qui empêche de les déclarer comme étranger dans une région particulière.
