Choix des amorces
Attention :
Le fragment d'ADN qui est amplifié est celui qui est physiquement délimité par les deux amorces oligonucléotidiques.
Comment choisir les amorces ?
Le choix des amorces, qui est évidemment crucial, est entre les mains de l'expérimentateur. Pour définir et faire synthétiser les amorces, il faut en général connaître la séquence du fragment que l'on veut amplifier. A partir de la séquence disponible, il faut déterminer les enchaînements nucléotidiques à partir desquels la polymérase pourra synthétiser de novo les brins d'ADN.
Les amorces doivent donc être :
- complémentaires des brins d'ADN existants ;
- "orientées" dans le "bon" sens de façon à permettre la synthèse d'ADN de 5' en 3'.
Les amorces utilisées pour la PCR ont des longueurs habituellement comprises entre 17 et 25 pb, selon les applications pour lesquelles elles sont définies. Les amorces sont obtenues par synthèse chimique et à la demande, c'est-à-dire selon la séquence que définit l'expérimentateur.
Commander une amorce se fait par internet et revient à 5-10 euros, livraison comprise.
